Trước khi ra mắt

Vào tháng 1 năm 2016, Kim Nayoung, Kim Sejeong và Kang Mina tham gia chương trình tuyển chọn girlgroup mang tên "Produce 101" của đài Mnet. Sejeong xếp thứ 2, Mina xếp thứ 9 còn Nayoung rất tiếc bị loại ở vòng chung kết với vị trí thứ 14 (chỉ thiếu 3 bậc nữa sẽ được debut). Và Sejeong, Mina được vào nhóm I.O.I thuộc quyền quản lý của YMC Entertainment, nhóm hoạt động trong vòng 10 tháng [3].

2016: Ra mắt với Act.1 The Little Mermaid

Vào ngày 7 tháng 6 năm 2016, Jellyfish Entertainment đã thông báo rằng hai thành viên Sejeong và Mina (I.O.I) được ra mắt trong nhóm nhạc nữ đầu tiên của công ty[4][5]. Mặc dù vào tháng 6 năm 2016, Sejeong và Mina vẫn đang là thành viên của I.O.I, nhưng theo điều khoản đặc biệt của YMC Entertainment (công ty quản lý của I.O.I) có nói rằng, các thành viên vẫn được phép hoạt động dưới quyền của công ty chủ quản của họ trong khi I.O.I trong thời giam tạm nghỉ hoặc quảng bá các nhóm nhỏ[6].

Ngay sau đó không lâu, ngày 10 tháng 6, Nayoung (thành viên cùng tham gia Produce 101 nhưng đã bị loại) cũng được xác định là thành viên của nhóm[7]. Công ty tiết lộ rằng, nhóm gồm 9 thành viên. Và vào ngày 13 tháng 6 năm 2016, Jellyfish Entertainment đã công bố tên chính thức của nhóm là: "Gugudan"[8][9].

Ngày 28 tháng 6 năm 2016, nhóm chính thức ra mắt với mini album đầu tay mang tên: "Act. 1 The Little Mermaid" gồm 6 ca khúc với bài hát chủ đề "Wonderland"[10][11]. Và trong cùng ngày, video âm nhạc của bài hát đã được phát hành trực tuyến và thông qua Naver V App.

2017-nay: Act. 2 Narcissus

Ngày 20 tháng 1, Jellyfish Entertainment thông báo rằng Gugudan đang chuẩn bị cho màn comback của nhóm vào tháng hai.

Ngày 3 tháng 2, Jellyfish Entertainment đã đưa ra ngày comback cụ thể là ngày 28 tháng 2 với mini album thứ hai mang tên Act. 2 Narcissus.

Ngày 28 tháng 2, nhóm comeback cùng mini-album thứ hai: Act. 2 Narcissus với ca khúc chủ đề mang tên A Girl Like Me.

Ngày 6 tháng 5, nhóm đã đến Việt Nam để tham dự chương trình K-Pop Cover Dance Festival tại Nhà hát Bến Thành với vai trò giám khảo và đã có một fansign nhỏ tại đây.

2018: Hyeyeon rời nhóm

Ngày 25 tháng 10, Jellyfish Entertainment xác nhận Hyeyeon rời nhóm để tập trung học hành, tuy nhiên vẫn ở lại công ty vì chưa hết hạn hợp đồng.